La récente épidémie, qui s'est développée dans plusieurs pays d'Europe, est due à une infection par une bactérie E-Coli entéro-hémorragique pouvant provoquer des hémorragies intestinales. Mais comment faire le tri entre les annonces scientifiques, les articles de journaux, la désinformation, les manipulations en tous genres?

E-Coli (Escherichia coli) est une bactérie procaryote, c'est à dire un organisme vivant unicellulaire sans noyau dont le matériel génétique est contenu dans la partie limitée par l'enveloppe externe et appelée cytoplasme. Chez les bactéries procaryotes (sans noyau), les molécules d'ADN sont regroupées à l'intérieur d'un chromosome, dans une région du cytoplasme appelée nucléoïde. C'est Antoine Van Leeuwenhoek qui, en 1668, a identifié les premières bactéries grâce à l’invention du microscope. Et c'est Christian Gottfried Ehrenberg qui, en 1828, les nommera ainsi en faisant référence à leur forme, sachant que le terme bactérie vient du grec «bâkteria» qui signifie « bâtonnet ».

Les bactéries se reproduisent pas scissiparité, c'est à dire par la séparation en deux d'une cellule mère donnant deux cellules filles. La bactérie procaryote classique est Escherichia-coli (ou E-coli), c'est une bactérie à paroi cellulaire rigide qui habite dans la flore intestinale humaine et animale.

Cette bactérie est communément présente dans le système digestif des êtres humains, et plus généralement chez les animaux à sang chaud. Sous sa forme la plus courante, elle n’est pas dangereuse. Mais certaines classes de cette bactérie peuvent provoquer des pathologies. C’est notamment le cas de la bactérie Escherichia coli entéro-hémorragique - ECEH (ou enterohaemorragic E. coli) qui est à l’origine de l’épidémie en Allemagne et dans d'autres pays d'Europe.

Actuellement, plus de 1000 souches ont été identifiées et caractérisées chez E. coli et plus de 60 souches E. coli ont été entièrement séquencées (on trouve entre 4300 et 5300 gènes dans un génome d'E. coli). Les microbiologistes identifient « grossièrement » les souches grâce aux antigènes de surface de la bactérie (structures biochimiques complexes) qui sont facilement reconnaissables par des anticorps spécifiques. Parmi ces antigènes les plus utilisés sont les antigènes O et H**. Chez E. coli on a identifié prés de 200 antigènes O différents, et plus de 50 antigènes H. Théoriquement on pourrait s'attendre à trouver 10 000 combinaison antigéniques différentes (appelé sérotype O:H) identifiant chacune une souche (Ex :O1:H2, O78:H6, O157:H7, O113:H21, O26:H11, O104:H4, etc.). Les souches d'E. coli sont si nombreuses qu'il est difficile de connaître exactement leur nombre. Il est probable que des milliers  de souches d'E. coli aient été identifiées à ce jour.

Origine

E-coli O104:H4 est donc apparue pour la première fois en Corée en 2005, mais elle n'a pas créé d'épidémie à cette époque. D'ailleurs cette souche, très rare, n'avait jamais provoqué d'épidémie jusqu'à présent, a indiqué l'Organisation mondiale de la santé. "La souche, isolée à partir de cas provenant de l'épidémie en Allemagne, n'a jamais été vue dans une épidémie auparavant. Elle a seulement été vue dans des cas sporadiques et très rares", a indiqué un porte-parole de l'OMS à Genève, Gregory Hartl.

Les analyses génétiques font donc état d’une mutation bactérienne issue  de la combinaison de plusieurs souches dont certaines portent des gènes mortels pour l’homme. Cette bactérie résulte d’une combinaison de gènes. Dans le système digestif des animaux, des millions d’E.Coli, naturellement présentes dans leur organisme, s’échangent de petits morceaux d’ADN. Ici, c’est la souche O104-H4 qui s’est combinée avec une autre souche, l'EAEC 55989. La présence, dans l'organisme humain, de E-Coli O104:H4, produirait des Shiga-Toxines (STEC), qui s'avèrent réfractaires à presque tous les antibiotiques. On peut voir ici un effet de l’utilisation massive des antibiotiques depuis des années.

L'origine naturelle de O104:H4 est animale, puisqu'elle ne peut pas se développer ailleurs que dans l'organisme des animaux ou des humains. Elle peut ensuite avoir été transférée dans des plantes suite à des erreurs de manipulation ou des manques d'hygiène, mais les plantes ne sont pas à l'origine du développement de cette bactérie. Il serait profondément erroné de croire que cette souche a pour origine le mode de production agricole, à moins d'avoir quelque paresse intellectuelle... Dans le cas d'une origine naturelle, la bactérie O104:H4 est issue de souches résistantes nées de mutation au contact des antibiotiques dans le tube digestif ou l'appareil urinaire humain ou animal.

Les bactéries, peuvent avoir une autre origine. Elles sont en effet très présentes dans les laboratoires et, là encore, une erreur de manipulation pourrait être à l'origine d'un transfert. Donc la création de O104:H4 par manipulation génétique au sein d'un laboratoire n'est pas à exclure. Elle pourrait être issue de l'ingénierie génétique au sein d'un laboratoire civil, militaire ou clandestin. Il ne faut pas cependant sombrer dans la théorie du complot, mais un esprit logique doit tout envisager: une fuite de matériel bactériologique sensible, une erreur de procédure, une négligence d'un chercheur, ou bien un acte de bioterrorisme.

Si on retient une évolution "naturelle" alors il faudrait revoir, de toute urgence, les conditions d'utilisation des antibiotiques dans la santé humaine et vétérinaire. Si on retient une évolution du "génie génétique" alors il faut croiser les doigts car on ne sait rien ou si peu de ce qui se cache dans les laboratoires, surtout lorsque les recherches représentent un danger potentiel. La manipulation génétique de bactéries peut se faire de manière beaucoup plus discrète que la production d'électricité par l'énergie nucléaire, un laboratoire peut donc passer presque inaperçu.

EHEC O104:H4 - Carte d'identité

La souche de ECEH responsable de l’épidémie de syndrome hémolytique et urémique de 2011 en Europe, qui a fait 31 morts, est une souche rare dénommée EHEC O104:H4. Elle est dénommée HUSEC041 et avait déjà été isolée en Allemagne en 2001. Cette souche est un mélange génétique rendu particulièrement dangereux car il s'attache à la paroi intestinale. C'est une bactérie qui résiste à de nombreux antibiotiques, elle est susceptible de provoquer des hémorragies intestinales et des troubles rénaux, elle peut dans certains cas entraîner la mort.

La souche E. coli de sérotype O104:H4, appartient à un sérotype très rarement observé parmi les EHEC. En effet ce sérotype à été observé une seule fois en 2005 dans un cas isolé de SHU (Syndrome hémolytique et urémique) en Corée, mais il y a eu peu de publication sur cette souche. Le Beijing Genomics Institute, un laboratoire chinois (BGI-Shenzhen), a publié la séquence complète d’une souche allemande isolée en 2011.

Les dernières nouvelles de E-Coli

A la fin juillet 2011, Reinhard Burger, président de l'institut Robert Koch, l'agence fédérale allemande de contrôle des maladies, a déclaré que l'épidémie d'E-coli survenue en Allemagne est maintenant terminée.

L'Agence européenne de sécurité sanitaire (Efsa) basée à Parme en Italie confirme, dans un document de 23 pages publié le 4 juillet 2011, qu'un lot de 15 kg de graines de fenugrec «bio» importé d'Égypte par un distributeur allemand, en décembre 2009, est le «lien commun le plus probable» entre les deux épidémies causées par la souche O 104 H4 de la bactérie E. coli en Allemagne et à Bordeaux.

Il faut rappeler que la transmission d’Escherichia coli se fait par contact direct ou indirect avec des matières fécales (aliments ou eau souillés, mains sales, etc.). Si les conditions d’hygiène sont respectées, la transmission d’homme à homme est rare.

Aujourd'hui, 4  août 2011,  il n'y a aucune preuve sur l'origine de O104:H4 qui a tué en Europe. Même si le fenugrec égyptien est un vecteur de transport, E-coli s'est développé ailleurs et son origine n'a pas été trouvée.

Alors toutes les hypothèses peuvent être envisagées, mais tant que la preuve de l'origine n'a pas été fournie il n'y aura que des suppositions.

Références:

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